A grandes rasgos, este departamento se basará en la periodización táctica (método integrado-global) y el microciclo estructurado como modelos principales de planificación, que estarán enfocados en lograr un mejor aprendizaje para que las futbolistas y los futbolistas mejoren progresivamente a medida que van creciendo y avanzando en las categorías de los clubes. Del mismo modo, el Departamento de Metodología servirá de apoyo para los entrenadores de las Entidades en la resolución de dudas y en las directrices a seguir.

El departamento estará dirigido por Jorge Aubry, con quien colaborarán David Rodríguez con el seguimiento de las categorías masculinas de fútbol 11 y Verónica Quirós, que se encargara del seguimiento de las categorías masculinas y femeninas de fútbol 7, y de las categorías femeninas de fútbol 11.

Desde la firma del acuerdo de colaboración la pasada temporada, C.D. Honeyball Femenino y U.D. Manantial vienen trabajando en la mejora de los servicios que se prestan en Centro Deportivo Sendai con la creación de la Academia Sendai, en un mejor organigrama deportivo por y para todos los integrantes de ambas Entidades, y en la promoción de los valores y la educación deportiva.